Ma’had Ali Bin Abi Thalib adalah Lembaga Bahasa Arab dan Studi Islam di bawah pengelolaan PT Ummat Mandiri Berkemajuan (PT UMB) Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY). Pada awalnya Ma’had ini merupakan lembaga kerjasama di bidang pendidikan antara UMY dan AMCF (Asia Muslim Charity Foundation). Pada tahun 2004 Ma’had ini bernama Ma’had Abu Bakar As-Shidiq Yogyakarta karena masih menjadi kelas jauh dari Ma’had Abu Bakar As-Shidiq Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS). Setelah MoU antara UMY dan AMCF ditandatangani pada tahun 2005, nama Ma’had Abu Bakar As-Shidiq diubah menjadi Ma’had Ali bin Abi Thalib.
Seiring dengan berjalannya waktu, pada tahun 2008 mulai ada upaya untuk mengintegrasikan Ma’had Ali Bin Abi Thalib kedalam sistem akademik Fakultas Agama Islam (FAI) UMY. Hal ini ditandai dengan penandatanganan MoU antara Dikti Pimpinan Pusat (PP) Muhammadiyah dengan yayasan AMCF pada tahun 2008. Integrasi akademik Ma’had Ali Bin Abi Thalib kedalam FAI UMY pada tahun 2016 tampak lebih nyata dengan dibukanya Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) kelas internasional IPICOM (International Program of Islamic Communication) yang menggabungkan kurikulum Ma’had dengan kurikulum Program Studi KPI UMY.
Namun, karena kondisi yayasan AMCF yang mengalami kesulitan financial, maka pada bulan September 2020 yayasan AMCF menyerahkan sepenuhnya aset dan pengelolaan Ma’had Ali Bin Abi Thalib ke Pimpinan Pusat Muhammadiyah, dan selanjutnya PP Muhammadiyah menyerahkan pengelolaan Ma’had Ali Bin Abi Thalib kepada Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY).
Adanya harapan agar Ma’had dapat berkembang lebih baik lagi dengan pengelolaan yang lebih professional disertai dengan inovasi berbagai program yang bermanfaat bagi umat, maka beberapa bulan kemudian, tepatnya pada akhir Semester Gasal Tahun Akademik 2020/2021, Rektor UMY menyerahkan pengelolaan Ma`had Ali bin Abi Thalib kepada Direktur PT Ummat Mandiri Berkemajuan (PT UMB). Sehingga, terhitung sejak awal Semester Genap Tahun Akademik 2020/2021 Ma`had Ali bin Abi Thalib berada dibawah pengelolaan PT UMB.
